MKv encoder

Hallo, ich hab folgendes Problem:
Ich hab einen Htpc mit einem Atom 330, und einer ION grafik.
wenn ich versuch ein mkv full HD video direkt abzuspielen hat er 99% CPU auslastung und stockt trotzdem fürchterlich.
Wenn ich aber mein Notebook dranhäng und es über den Java PS3 Media Server zum xbmc streame habe ich zwar immer noch 1080p und Souroundsound, allerdings klappt die Wiedergabe einwandfrei und ich hab nurnoch 23% auslastung.
Nur kann ich das Laptop nicht immer dran lassen.
Nun die Frage wie kann ich die Videos konvertieren, sodass die Qualität erhaltenbleibt, es aber KEIN mkv mehr ist.zum konvertieren stehen ein notebook mit Pentium T4500 2×2.6GHz und ein StandPC mit Q8300 (4×2.5) bereit.
Beide Windows 7 und lubuntu.

MFG Thalhammer

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